El budismo llegó a Japón desde el continente en el siglo VI.
El Templo Horyu-ji, construido a principios del siglo VII, es el templo más representativo de esa época, y se conoce por tener las edificaciones de madera más antiguas en el mundo.
Junto con el castillo Himeji-jo, son los primeros monumentos designados Patrimonio Cultural de la Humanidad en Japón.

Desde la antigüedad, en Japón se cree en la presencia divina en la naturaleza.
Los Montes Kii son una región montañosa de difícil acceso considerada “Tierra Sagrada" y desde el siglo VII, o quizás desde antes, se convirtió en lugar de peregrinación con el fin de conseguir la fuerza mística que se esconde en su naturaleza.

La cultura de Japón avanzó enormemente en la antigüedad por el intercambio con el continente.
A principios del siglo VIII Nara se convirtió en la capital (Capital Heijo-kyo), y se construyó una base importante del estado y la cultura. El Patrimonio Cultural de la Humanidad en Nara son 6 templos y santuarios, el Palacio Heijo y el Bosque de Kasugayama.
El Patrimonio Cultural de la Humanidad en Nara son 6 templos y santuarios, el Palacio Heijo y el Bosque de Kasugayama.

A finales del siglo VIII la capital se trasladó desde Heijo-kyo (actual ciudad de Nara) a Nagaoka-kyo, y después a Heian-kyo (actual ciudad de Kyoto). Desde entonces y hasta hoy, durante más de 1.200 años, Kyoto es el centro de la cultura de Japón. El Castillo Nijo y 16 templos y santuarios están registrados como Patrimonio Cultural de la Humanidad.

　El monte Fuji (Fujisan), registrado como Patrimonio Cultural de la Humanidad en 2013, entró en erupción en repetidas ocasiones en el pasado y, con el fin de calmarlo, durante el siglo IX se construyó un santuario al pie del monte.
　Posteriormente, durante el período Edo, el montañismo religioso se hizo muy popular entre el pueblo. Se crean además numerosas obras artísticas: pinturas ukiyoe, etc., con el tema del monte Fuji. 　

Desde el siglo XII, el protagonismo de la época se trasladó desde la nobleza a los samurai. El santuario sintoísta de Itsukushima fue construido por los poderosos de esa época. Construido sobre del agua, fue declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad por estar dedicado a la adoración de las montañas como divinidad, por ser una construcción que permite comprender las características del espacio religioso y del sentido estético de Japón, etc.

En el siglo XII, en la región de Tohoku, alejada de Kyoto, se construyó Hiraizumi, un lugar utópico que representaba la Tierra Budista Pura, una ciudad que se fundamentaba en el pensamiento de intentar construir una sociedad en paz. Principalmente por sus jardines, que se fusionan con la naturaleza, es el lugar de Japón que ha sido declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad más recientemente. Registrado como Patrimonio Cultural de la Humanidad en 2011.

(Por otro lado) En el siglo XV, se fundó en Okinawa el Reino de las Ryukyu. Desde entonces mantuvo intercambios económicos y políticos con China, Japón, Corea y países del sudeste asiático. Hay 9 lugares incluidos como Patrimonio Cultural de la Humanidad, 5 restos de castillos y restos que han transmitido hasta nuestros días la religión tradicional de Okinawa, la cual engloba la adoración a la naturaleza y la adoración a los antepasados.

Durante el siglo XVI, en Japón se sucede un período de guerras mientras el resto del mundo se dirige hacia la era de los descubrimientos. En esa época, una tercera parte de la plata que circulaba por el mundo procedía de Japón, y se dice que la mayor parte de ésta se producía en Iwami. Las minas de plata de Iwami Ginzan muestran vestigios de la producción de plata y la influencia en el intercambio entre la civilización oriental y la occidental, y asimismo, para su inclusión en el Patrimonio Cultural de la Humanidad se valoró su paisaje cultural en armonía con la naturaleza.

　Desde el período de guerras de los siglos XVI y XVII hasta el período Edo, en Japón se construyeron numerosos castillos. Entre esos castillos, el castillo Himeji-jo es de elevada integridad estética y el que mejor muestra la estructura defensiva de los castillos singular de Japón. El castillo Himeji-jo fue uno de los primeros monumentos designados Patrimonio Cultural de la Humanidad en Japón, junto con los monumentos budistas de la región de Horyu-ji.

A principios del siglo XVII, finalizado el período de guerras, el centro político de Japón se traslada desde Kyoto a Edo (actual ciudad de Tokio). Nikkō Tosho-gu es un templo sintoísta edificado para venerar al primer shogun del Shogunato Tokugawa. Durante el período Edo, el cual continuó hasta mediados del siglo XIX, además del sistema Sakoku de cierre del país y de la estricta división de clases sociales, también se observó un desarrollo cultural único de las diferentes regiones.

La “construcción de Gassho-zukuri" (tejado de madera cubierto de pajas) se cree que empezó hacia el siglo XVII en los pueblos de Shirakawa-go y Gokayama, de nieve abundante. Su tejado muy inclinado y el eficiente aprovechamiento de los edificios para su uso como industria las convierten en especialmente singulares incluso comparando con otras zonas rurales de Japón. Asimismo, también por la necesidad de la colaboración de los ciudadanos en el mantenimiento/conservación fueron declaradas Patrimonio Cultural de la Humanidad.

　Durante la segunda mitad del siglo XIX Japón se abrió al mundo, iniciándose su avance hacia la modernidad. La “Fábrica de seda de Tomioka y sitios relacionados”, registrados como Patrimonio de la Humanidad en 2014, son lugares emblemáticos de la innovación tecnológica que se derivó de los intercambios culturales con el mundo.
　Gracias a la tecnología desarrollada en Japón para la producción en masa de seda cruda, la seda que había sido exclusiva de unos pocos privilegiados se extendió entre la gente de todo el mundo.

　Durante los cincuenta años de la segunda mitad del siglo XIX Japón se modernizó también en el campo de la industria pesada.
　En 2015, 23 sitios distribuidos por todo Japón de la herencia industrial relacionada con la industria del carbón, la construcción naval, la siderurgia e instalaciones relacionadas (canales, viviendas, academias, etc.), fueron registrados como Patrimonio de la Humanidad, incluyendo algunos sitios que todavía están operativos.

El lanzamiento de la bomba atómica el día 6 de agosto de 1945 causó gran destrucción en sólo unos instantes, pero el esqueleto de hierro de una cúpula resistió y fue por esa forma que tenía que pasó a llamarse “Cúpula Genbaku". Se declaró Patrimonio de la Humanidad por ser un testigo de la historia que explica los estragos de la exposición a la radiación causada por el primer bombardeo atómico de la historia de la humanidad; y asimismo por ser un símbolo de la promesa de solicitar la destrucción total del armamento nuclear y la paz permanente.