Il buddhismo fu trasmesso in Giappone dal continente asiatico nel sesto secolo dopo Cristo. Lo Hōryūji, edificato all'inizio del settimo secolo, fu un tempio rappresentativo fin da quel periodo ed è tuttora conosciuto come il complesso di edifici lignei più antico del mondo. Insieme al castello di Himeji fu il primo patrimonio dell'umanità giapponese ad essere registrato.

(D'altronde) In Giappone si ritiene fin dall'antichità che le divinità alberghino in ogni luogo naturale. Le montagne di Kii, che si accavallano in tal modo da rendere difficile all'uomo di entrarvi e uscirvi liberamente, dall'inizio del settimo secolo furono ritenute un “luogo sacro" e ideale per pratiche ascetiche, finalizzate ad impadronirsi delle forze arcane celate nella loro natura.

In epoca antica la cultura giapponese si sviluppò grandemente grazie agli scambi con il continente cinese. All'inizio dell'ottavo secolo a Nara fu costruita la capitale (chiamata Heijōkyō), e con essa furono stabilite le importanti fondamenta delle istituzioni statali e della cultura. A Nara sei edifici tra templi buddhisti e santuari shintoisti, oltre che alle rovine di Heijōkyō e alla foresta vergine di Kasugayama, sono registrati tra i patrimoni dell'umanità.

Verso la fine dell'ottavo secolo la capitale fu trasferita da Nara a Nagaoka, e da lì a Heiankyō (l' attuale Kyōto). Da allora Kyōto è stata al centro della cultura giapponese, per più di 1200 anni. Sedici edifici religiosi, tra templi buddhisti e santuari shintoisti, oltre al castello di Nijō, sono registrati come patrimoni dell'umanità.

　In Giappone dal periodo degli stati belligeranti (XVI-XVII sec) fino all'inizio del periodo Edo furono edificati molti castelli.
　Designato come patrimonio culturale dell'umanità nel 2013, il monte Fuji è un vulcano attivo fin dall'antichità. Nel IX secolo ai suoi piedi venne costruito un tempio shintoista con lo scopo di placarne la furia, e in seguito, a partire dal Periodo Edo, cominciarono a prendere piede i pellegrinaggi religiosi diretti alla sua cima.
　Il monte Fuji è stato rappresentato in un gran numero di opere d'arte, come le stampe in stile ukiyoe.

Dal dodicesimo secolo il potere passò dalle mani dei nobili di corte a quelle dei bushi (samurai), l'aristocrazia guerriera. I potenti di quel periodo edificarono il santuario di Itsukushima. Viene annoverato tra i patrimoni dell'umanità in quanto edificio esprimente le peculiarità dell'estetica e dello spazio religioso giapponesi.

Nel dodicesimo secolo, nella regione del Tōhoku, molto lontano da Kyōto, sorse una “città ideale”, concepita ad immagine della Terra Pura (il paradiso buddhista) e finalizzata alla creazione di una società pacifica: Hiraizumi. Con i giardini armonizzati al paesaggio naturale al suo centro, costituisce l’ultimo patrimonio dell’umanità giapponese ad essere stato registrato. I templi e i siti archeologici sono stati registrati come patrimonio culturale dell'umanità nel 2011.

(d'altronde) A Okinawa nel quindicesimo secolo emerse il regno delle Ryūkyū. Nei secoli successivi esso intrattenne relazioni economiche e politiche con Cina, Giappone, Corea e con i paesi del Sud-est asiatico. Vi si trovano nove patrimoni dell'umanità, a partire dalle rovine di cinque castelli (gusuku) fino ai siti che testimoniano dei culti animisti e degli antenati tipici delle tradizioni religiose di Okinawa.

Nel XV secolo, mentre in Giappone era nel mezzo delle guerre civili, il mondo conosceva il periodo delle grandi navigazioni. Pare che all' epoca un terzo dell'argento in circolazione fosse di provenienza giapponese, e che di questo gran parte fosse estratto dalla miniera di Iwagi Ginzan. La miniera di Iwami Ginzan fu inserita tra i patrimoni dell' umanità in considerazione dell'influenza che esercitò negli scambi tra oriente e occidente, dei suoi importanti reperti storici sulla produzione dell' argento e del suo paesaggio artificiale in armonia con la natura circostante.

In Giappone dal periodo degli stati belligeranti (XVI-XVII sec) fino all'inizio del periodo Edo furono edificati molti castelli. Tra tutti questi il castello di Himeji, che vanta il massimo grado di perfezione estetica e presenta la struttura difensiva a torrioni tipica dello stile architettonico giapponese, fu il primo patrimonio dell' umanità dell' arcipelago ad essere registrato, insieme allo Hōryūji.

All'inizio del XVII secolo, finite le guerre feudali, il centro della politica si spostò da Kyōto a Edo (l'odierna Tōkyō). Il Tōshōgu di Nikkō è un santuario eretto a celebrazione del primo shōgun dello shogunato di Edo. Il periodo Edo durò fino alla metà del XIX secolo. Se da un lato fu caratterizzato dalla chiusura dei rapporti con l'estero e da un severo sistema sociale basato sulla divisone per ceti, dall'altro manifestò lo sviluppo di culture peculiari in tutte le regioni del paese.

Si pensa che lo stile architettonico detto gasshō-zukuri (struttura a forma di "mani congiunte in preghiera") abbia avuto inizio nei nevosi villaggi di Shirakawa-go e Gokayama. Il loro tetto spiovente e l'utilizzo attivo delle abitazioni nelle attività artigianali è del tutto peculiare a confronto con le altre regioni giapponesi, e sono state annoverate tra i patrimoni dell' umanità anche in considerazione degli sforzi cui tutti i loro residenti sono chiamati per garantirne la preservazione.

　Nella seconda metà del XIX secolo, il Giappone si aprì al mondo e cominciò la propria marcia verso la modernizzazione. Registrati come patrimonio dell'umanità nel 2014, il setificio di Tomioka e i siti a esso correlati sono l'emblema degli scambi del Giappone col mondo e dei progressi tecnologici che ne derivarono.
　Grazie alla tecnologia per la produzione di massa del filato sviluppata dal Giappone, la seta, che era appannaggio delle sole classi privilegiate, divenne un prodotto diffuso in tutto il mondo.

　Anche nel campo dell'industria, il Giappone raggiunse la modernizzazione nei cinquant'anni successivi alla seconda metà del XIX secolo. Nel 2015 in tutto il paese sono stati registrati come patrimonio dell'umanità un totale di ventitré luoghi legati all'industria del ferro, dell'acciaio, delle costruzioni navali e del carbone, insieme ad altre strutture a essi correlati (canali, alloggi, collegi, ecc.), tra cui alcuni ancora funzionanti.

Il 6 agosto 1945 la bomba atomica provocò in un istante un'immane distruzione, ma la struttura in ferro della cupola su cui cadde rimase in piedi: da allora fu chiamata genbaku doomu ovvero "cupola dell'atomica". Fu registrata tra i patrimoni dell' umanità a testimonianza del primo tragico bombardamento atomico della storia e in quanto simbolo del giuramento di abolire le armi nucleari e di perseguire una pace perpetua.